Фамилия Кубеев — тюркская по происхождению, и её основа — личное имя Кубей. Чаще всего его считают вариантом старинного татарского имени Кубай, которое, в свою очередь, образовано от слова «куба» — «бледно-бурый», «светло-гнедой» (масть коня). В тюркских языках такие цветовые прозвища нередко становились именами. Аффикс -ай в этом имени — призывно-повелительный, он характерен для многих татарских и башкирских личных имён, придаёт основе ласкательный или уменьшительный оттенок.

Есть и другая версия: имя Кубей связывают с татарским словом «көбә» — «купол», «высочина». Если так, то имя могло быть метафорическим — так называли крепкого, видного человека или, возможно, того, кто жил на возвышенности. Какая из версий вернее, сказать трудно, но первая (от масти) встречается в ономастике чаще.

Суффикс -ев в фамилии Кубеев — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Кубея». Фамилия закрепилась в среде татар, башкир и казахов. Документы начала XX века фиксируют её в разных регионах: Кубеев Абдулла (1882 год, казах), Кубеев Айтбай (1901 год, Кустанайская область), Кубеев Аликул (1875 год, Южно-Казахстанская область), Кубеев Алтысбай (1902 год, Актюбинская область). Эти записи показывают, что фамилия была распространена среди кочевого и полукочевого населения степной полосы, а её носители — люди разных сословий, но преимущественно крестьяне и скотоводы.

В написании фамилии возможны колебания: в старых метриках и переписях встречается как Кубеев, так и Кубаев (через «а»), что отражает диалектное произношение основы. Современный вариант с «е» закрепился в русском написании.