Фамилия Кубеев, вероятнее всего, образована от имени Кубей - варианта татарского имени Кубай. Это старинное имя восходит к слову «куба», что значит «бледно-бурый». Компонент -ай является призывно-повелительным аффиксом, нередко употребляющемуся у татар в качестве именного. Согласно другой версии имя Кубей переводе с татарского значит «купол», «высочина». Таким образом, потомок человека, которого звали Кубей, со временем получил фамилию Кубеев. Так, в документах начала XX века упоминаются: Кубеев Абдулла (родился в 1882 году казах), Кубеев Айтбай (родился в 1901 году в Кустанайской области), Кубеев Аликул (родился в 1875 году в Южно-Казахстанской области), Кубеев Алтысбай (родился в 1902 году в Актюбинской области) и др.