Фамилия Куббе — редкая в русском контексте, и её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или прибалтийское. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, она сохраняет иноязычную основу без адаптирующего суффикса, что сразу указывает на её позднее появление в России, чаще всего в XVIII–XIX веках, когда в страну приезжали специалисты из Германии.

Основа фамилии — немецкое слово или имя. Есть две основные версии её корня. Первая: от немецкого «Kubbe» — так в северных диалектах Германии называли небольшую каморку, чулан или тесное помещение. Прозвище мог получить человек, живший в маленьком доме, либо, по контрасту, тот, кто владел таким строением. Вторая версия: фамилия восходит к сокращённой форме личного имени Jakob (Якоб), где «Kubbe» — один из вариантов диалектного произношения, как отчество без суффикса. Встречается фамилия и в скандинавских странах, что подтверждает её германское происхождение.

В Российской империи фамилия Куббе встречалась в среде остзейских немцев — выходцев из Прибалтики. Носители могли быть лютеранами, служить врачами, аптекарями, инженерами или офицерами. После революции и депортаций советских немцев фамилия почти исчезла из массового обихода, но сохранилась в единичных семьях, часто уже обрусевших.

С точки зрения словообразования, фамилия Куббе стоит в ряду таких же «чистых» немецких фамилий, как Шмидт, Мюллер или Фишер, — без изменений при переносе в русскую среду. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ку́ббе. В дореволюционных документах могли встречаться варианты написания с одной «б» — Кубе, но двойная согласная точнее передаёт немецкое произношение.

Если ваши предки носили эту фамилию, ищите их следы в метрических книгах лютеранских церквей Санкт-Петербурга, Москвы или прибалтийских губерний. Фамилия не массовая, и её носители, вероятно, были частью небольшой и довольно замкнутой общины.