Фамилия Кубеко — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка, а вот с корнем придётся разбираться по косвенным признакам. Фамилия явно белорусская, причём скорее всего с Гродненщины или западной части Минской области. Подсказка — суффикс -ко, который в белорусской ономастике работает как уменьшительный или фамильный формант, часто прикрепляясь к прозвищам и именам. В украинском варианте было бы -енко, в польском — -ка, а вот -ко с ударением на последний слог — верный признак белорусского ареала.

С основой сложнее. Самый прямой путь — от прозвища Кубек, которое могло быть производным от имени Якуб (белорусская форма библейского Иаков). В белорусских говорах «Якуб» легко сокращалось до «Куб», «Куба», «Кубек» — так же, как «Ян» давало «Янко», а «Степан» — «Стецько». Тогда Кубеко — это «потомок Кубека», то есть маленького Якуба или сына Якуба.

Есть и менее очевидная версия, связанная с польским влиянием. В юго-восточных диалектах польского языка слово kubek означает «кружка, кубок». Но прозвище Кубек могло достаться не гончару или любителю выпить, а скорее бондарю, который делал деревянные кубки, или человеку с круглым, «кубковидным» лицом. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается и у поляков, но в форме Kubek, а белорусское Кубеко — это уже местная адаптация с типичным суффиксом.

Написание фамилии устойчивое: Кубеко, без вариантов вроде Кубяко или Кубико. Ударение, судя по белорусской модели, падает на последний слог — Кубеко. В русской среде его часто смещают на первый, но исходное звучание именно с финальным ударением. Сословный состав носителей — почти наверняка крестьяне или мелкая шляхта, так как фамилии на -ко в Беларуси были массовыми именно в этих слоях, а не у магнатов.