Фамилия Кубеков образована от восточного имени Кубяк, которое имеет древнетюркско-булгарско-кыпчакско-татарское происхождение и переводится как «собака» (в переносном значении – «товарищ»). Это имя давалось с пожеланием, чтобы ребенок был неприхотливым, стойким к болезням, подобно собаке. Имя Кубек было особенно употребительным у булгаро-татар во времена Казанского ханства. По другой версии, фамилия Кубеков восходит к тюркским словам «куба» («бледно-бурый») и «бек» («господин»). Следовательно, имя Кубек могли дать смуглому или темноволосому мальчику, которому родители желали в будущем добиться благополучия и высого положения в обществе.