Фамилия Кубеков — одна из тех, где за внешне простой формой скрывается несколько версий происхождения, и разобраться в них стоит внимательно. Первая и самая распространённая гипотеза отталкивается от древнетюркского имени Кубяк (или Кубек). В основе лежит слово, означающее «собака». У многих тюркских народов, в том числе у булгар и кыпчаков, такое имя давали с практической целью: считалось, что «собачье» имя отпугнёт злых духов, а ребёнок вырастет неприхотливым и стойким к болезням. В переносном смысле «собака» могло значить и «товарищ», «верный спутник». Особенно часто имя Кубек встречалось у булгаро-татар в эпоху Казанского ханства.

Вторая версия менее прозрачна и выводит фамилию из слияния двух тюркских корней: «куба» (бледно-бурый, светлый оттенок) и «бек» (господин, князь). Если следовать этой логике, имя Кубек могло быть составным пожеланием: родители, заметив у мальчика светлый или смугловатый оттенок кожи, желали ему в будущем высокого положения. «Бек» в этом случае указывает на амбиции семьи, а «куба» описывает внешность. Однако эта версия уступает первой в убедительности: имя Кубек фиксируется в источниках именно как одноосновное, а не как сложное с «беком».

Словообразовательная модель проста: к тюркскому имени Кубек добавили русский патронимический суффикс -ов, который в Поволжье и Приуралье стал стандартным способом оформления фамилий у татар, башкир и других народов региона. Суффикс отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Кубека». Так что Кубековы — это потомки человека, носившего имя с собачьим смыслом, но без отрицательного оттенка: в традиционной культуре собака была символом выживаемости и преданности.