Фамилия Кубекины образована от тюркского имени Кубека — варианта булгарско-кыпчакского обрядового имени Кубяк. В основе лежит слово, которое переводится как «собака», а в переносном смысле — «товарищ». Такие имена были в ходу у булгаро-татар в эпоху Казанского ханства. Родители, называя младенца Кубяком, стремились, чтобы природа воспринимала его как своего, и желали передать ему полезные качества этого животного: неприхотливость и стойкость к болезням.

В словообразовательной цепочке всё прозрачно: к основе Кубека- добавился типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кубеки). Так потомки человека по имени Кубека со временем закрепили за собой фамилию Кубекины.

Интересно, что фамилия сохранила архаичный суффикс -ин, а не более поздний -ов, что может говорить о её раннем закреплении в русской среде. В отличие от многих фамилий на -ов, где основа чаще всего была прозвищем или названием ремесла, здесь мы имеем дело с прямым наследованием от дохристианского тюркского имени. Это ставит фамилию Кубекины в ряд памятников восточной культуры, но с оговоркой: процесс формирования каждой конкретной фамилии был долгим и не всегда привязан к одной местности. Окончательные выводы о точном времени и месте происхождения можно сделать только на основании серьёзных генеалогических разысканий.