Фамилия Кубекина образована от тюркского имени Кубека, которое является вариантом булгарско-кыпчакского обрядового имени Кубяк. Имя Кубяк переводится как «собака», а в переносном смысле имеет значение «товарищ». Это имя было в употреблении у булгаро-татар во времена Казанского ханства. Давая младенцу такое имя, как Кубяк, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Имя Кубека давалось ребенку с пожеланием, чтобы он был неприхотливым, стойким к болезням. Таким образом, потомок человека, которого звали Кубека, со временем получил фамилию Кубекин.