Фамилия Кубекина (женская форма) и Кубекин (мужская) — это отчество, то есть фамилия, образованная от личного имени предка. В основе лежит имя Кубека, которое исследователи связывают с тюркским миром, а именно с булгаро-кыпчакской средой Поволжья времен Казанского ханства. Исходная форма имени — Кубяк.

Прямое значение слова «кубяк» в тюркских языках — «собака». Это так называемое охранительное имя, распространенное у многих народов. Давая ребенку имя со значением «собака», родители верили, что злые духи не позарятся на него, сочтут «своим» и не причинят вреда. В переносном смысле имя Кубяк (и его вариант Кубека) могло означать «товарищ», «верный друг», подчеркивая такие качества, как преданность и неприхотливость. Считалось, что мальчик с таким именем вырастет стойким к болезням и невзгодам.

Суффикс -ин (как в фамилии Кубекин) — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. Он отвечает на вопрос «чей?»: сын Кубеки — Кубекин. Такая модель образования фамилий (от имени, прозвища или профессии с помощью -ин, -ов) была господствующей в центральной России и на севере, в то время как на юге чаще использовали суффикс -енко.

Фамилия Кубекина довольно редкая. Её география бытования неширока, но она встречается в регионах, исторически связанных с татарским и чувашским населением, например, в Поволжье и на Урале. Это косвенно подтверждает её происхождение от тюркского имени. Стоит отметить, что в русских говорах существовало и слово «кубека» — так называли небольшую лодку-однодеревку, но эта версия происхождения фамилии менее вероятна: прозвище «Кубека» могли дать лодочнику или перевозчику, однако основная масса носителей фамилии тяготеет к тюркской этимологии.