Фамилия Кубеков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кубеков уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кубеков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Кубеков образована от восточного имени Кубяк, которое имеет древнетюркско-булгарско-кыпчакско-татарское происхождение и переводится как «собака» (в переносном значении – «товарищ»). Это имя давалось с пожеланием, чтобы ребенок был неприхотливым, стойким к болезням, подобно собаке. Имя Кубек было особенно употребительным у булгаро-татар во времена Казанского ханства. По другой версии, фамилия Кубеков восходит к тюркским словам «куба» («бледно-бурый») и «бек» («господин»). Следовательно, имя Кубек могли дать смуглому или темноволосому мальчику, которому родители желали в будущем добиться благополучия и высого положения в обществе. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кубеков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Кубеков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.