Фамилия Кубекин происходит от имени Кубека — тюркского варианта булгарско-кыпчакского имени Кубяк. В основе лежит слово со значением «собака», но в переносном смысле оно означало «товарищ». Имя было в ходу у булгаро-татар в эпоху Казанского ханства. Подобные «обережные» имена давали с практической целью: родители хотели, чтобы природа приняла ребёнка за своего, передав ему выносливость и неприхотливость, свойственные собаке. Считалось, что такое имя защитит от болезней и сделает ребёнка стойким. Со временем прозвище Кубека закрепилось как фамильное — с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, указывающего на родство: «чей?» — Кубекин, то есть сын или потомок Кубеки. Фамилия редкая, и её основа напрямую отсылает к домусульманским обрядовым традициям тюркских народов Поволжья.