Фамилия Кубека — одна из тех, что ломает шаблон. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -а указывает скорее на западнославянское или балтийское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия польского, чешского или, возможно, литовского корня, которая попала в русскую среду и сохранила свою первоначальную форму.

Основа фамилии — «Кубек». В славянских языках это могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Якуб (польский аналог библейского Иаков, то есть Яков). В Польше и Чехии имя Jakub сокращали до Kuba, а от него уже образовывали Kubek — «маленький Куба». Фамилия Кубека в таком случае — это вариант с окончанием -а, характерный для некоторых польских фамилий (как Войтека, Матека), или же форма, застывшая в родительном падеже: «сын Кубека».

Есть и другая, более прозаичная версия. В польском языке слово «kubek» означает кружку или кубок. Фамилия могла возникнуть как прозвище мастера, делавшего посуду, или человека, любившего выпить. Однако в этом случае форма Кубека менее типична, чем просто Ку́бек, и чаще встречается в чешской среде, где окончание -а может быть женской формой фамилии (например, жена пана Кубека — пани Кубека).

В русских документах фамилия Кубека — большая редкость. Она могла появиться у потомков польских шляхтичей, переселившихся после разделов Речи Посполитой, или у белорусов и украинцев, чьи фамилии не прошли через русификацию. Географически её стоит искать в западных регионах бывшей Российской империи: на территории современной Беларуси, западной Украины или в Литве. В отличие от массовых фамилий на -ов, Кубека не указывает на принадлежность к конкретному роду через отчество, а несёт в себе память о прозвище или имени предка, которое осталось почти неизменным уже несколько веков.