Фамилия Кубеев — самобытный памятник восточной культуры, и её происхождение уходит корнями в тюркскую ономастику. Скорее всего, фамилия образована от личного имени Кубей — варианта татарского имени Кубай. Это старинное имя восходит к слову «куба», что значит «бледно-бурый» — так могли называть человека по цвету волос или масти лошади. Компонент «-ай» в конце имени — призывно-повелительный аффикс, который у татар часто использовали при образовании имён.

Есть и вторая версия: имя Кубей в переводе с татарского означает «купол» или «высочина». В любом случае, потомка человека по имени Кубей со временем стали записывать как Кубеева — по стандартной для тюркских фамилий модели с русским суффиксом -ев, который указывает на принадлежность роду.

Фамилия Кубеев встречается в исторических источниках начала XX века, причём география носителей широкая. В документах упоминаются: Кубеев Абдулла (родился в 1882 году, казах), Кубеев Айтбай (родился в 1901 году в Кустанайской области), Кубеев Аликул (родился в 1875 году в Южно-Казахстанской области), Кубеев Алтысбай (родился в 1902 году в Актюбинской области). Эти записи показывают, что фамилия бытовала среди казахов и, вероятно, других тюркских народов региона.

Обратите внимание на суффиксальную модель: фамилия образована не через притяжательный суффикс -ов/-ев от русского имени, а через присоединение -ев к тюркской основе. Это типично для фамилий, которые фиксировались в метрических книгах и переписях Российской империи у нерусского населения. Сам факт, что в документах начала XX века встречаются только носители мужского пола с разными именами, говорит о том, что фамилия уже устоялась, но ещё не охватила все родовые ветви.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Кубеев можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований — например, по ревизским сказкам или метрическим книгам конкретных аулов.