Фамилия Кубаев образована от древнетюркско-татарского мужского имени Кубай. Это старинное имя восходит к слову «куба», что значит «бледно-бурый». Компонент -ай является призывно-повелительным аффиксом, нередко употребляющемуся у татар в качестве именного.