Фамилия Кубаева образована от мужского имени Кубай, которое имеет древнетюркско-татарские корни. В основе имени лежит слово «куба» — «бледно-бурый», а компонент -ай выступает как призывно-повелительный аффикс, характерный для татарской именной традиции. Такие имена часто давали по внешним признакам: цвету волос, масти скота или оттенку кожи.

С суффиксальной точки зрения фамилия Кубаева — это типичная русская патронимическая фамилия на -ев, образованная от тюркского имени. Суффикс -ев присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или йот, поэтому форма Кубай дала Кубаев, а не Кубайов. По этой же модели построены фамилии Алтаев, Токаев, Мамаев — все они восходят к именам с конечным -ай.

Географически фамилия Кубаева чаще всего встречается среди татар, башкир и народов Северного Кавказа, особенно в осетинской и балкарской средах. В осетинском языке, например, слово «куба» означает «лебедь», что даёт альтернативную версию происхождения: прозвище могли дать за плавную походку или белую кожу. Однако для татарской ветви более убедительна связь с цветовой характеристикой — «бледно-бурый» как указание на масть лошади или цвет волос.

Процесс закрепления фамилий у разных народов шёл неравномерно. У татар фамилии в современном виде стали фиксироваться в XIX веке, после ревизий и переписей. Поэтому точное место и время возникновения конкретного рода Кубаевых можно установить только по генеалогическим документам — метрическим книгам, ревизским сказкам или подворным спискам.