Фамилия Кубачова — женская форма фамилии Кубачов. В её основе лежит прозвище Кубач, и здесь есть несколько версий происхождения, каждая из которых ведёт к разным корням.

Самая вероятная версия связывает прозвище с этнонимом «кубачи» — так называют народ, проживающий в Дагестане, в селе Кубачи. В этом случае прозвище Кубач могли дать человеку, который был родом оттуда, торговал с кубачинцами или носил одежду, напоминающую их национальный костюм. Мужчины из Кубачи издавна славились как искусные ювелиры и оружейники, поэтому прозвище могло указывать и на ремесло — например, на мастера по металлу. Топоним Кубачи, в свою очередь, имеет тюркское происхождение: в переводе с кумыкского «къубачи» означает «средний» или «серединный», что указывает на расположение села в горах.

Вторая версия выводит прозвище из диалектного слова «куба» — так в некоторых русских говорах называли полную, дородную женщину. Но поскольку прозвище Кубач могло относиться и к мужчине, здесь возможна ироничная основа: так могли прозвать человека за крепкое телосложение или, наоборот, за медлительность и неповоротливость.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Кубач- добавлялся суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей потомок?» — Кубачов). В женском варианте — Кубачова — окончание -а передаёт родовую принадлежность по женской линии. Такая фамилия закреплялась за детьми и женой человека по прозвищу Кубач.

В XV–XVI веках, когда фамилии начали закрепляться в среде служилых и богатых людей, подобные прозвищные фамилии были особенно распространены. Они фиксировали не только происхождение, но и характерную черту или занятие предка. Кубачовы могли быть как выходцами из дагестанских земель, так и русскими крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по внешнему виду.

Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении. Основные очаги — юг России и Поволжье, где исторически были контакты с народами Кавказа. Встречается также вариант написания Кубачёва, что связано с аканьем и особенностями произношения в разных говорах.