Фамилия Кубачанов происходит от прозвища Кубачан. Так чаще всего называли представителя дагестанского народа кубачинцев, жителей знаменитого аула Кубачи. Основа фамилии — этноним, а суффикс «-ан» в данном случае не уменьшительный, а указывает на принадлежность к группе: Кубачан — это «человек из Кубачи» или «относящийся к кубачинцам». Модель образования типична для фамилий, возникших на Кавказе и в тюркоязычной среде: к основе этнонима добавляли аффикс, превращавший его в личное прозвище, а затем уже русский патронимический суффикс «-ов» закрепил его как фамилию.

Кубачинцы в истории известны с XI века. Персы называли их зирихгеранами — «кольчужниками», а с XV века закрепилось турецкое название «Кубачи» с тем же значением. Этот народ веками славился как искуснейшие оружейники и ювелиры. В V–X веках Кубачи был центром Зирихгерана — одного из раннегосударственных образований Дагестана, который играл активную роль в политической жизни Северо-Восточного Кавказа. В VI веке зирихгеранцы платили дань Ирану, в 738–739 годах их покорили арабы и обложили ежегодной податью. В XIII веке через эти земли прошли монголы. В 1396 году войска Тимура вторглись в Кубачи: жители покорились и обязались поставлять завоевателю брони и кольчуги. После присоединения Дагестана к России по Гюлистанскому договору 1813 года селение Кубачи вошло в состав Кайтаго-Табасаранского округа.

Таким образом, предок человека с фамилией Кубачанов с большой вероятностью происходил из этого знаменитого аула. Фамилия — вещественное напоминание о ремесленной и военной истории целого народа, чьи мастера ковали доспехи для армий Востока.