Фамилия Кубаченко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (как русское -ович/-евич или польское -ич). То есть Кубаченко — это буквально «сын Кубака» или «потомок Кубы».

Основа фамилии — прозвище Кубак или Куба. Самая вероятная версия: прозвище Куба восходит к слову «куб» — большой котёл или сосуд для перегонки жидкостей. В украинских говорах «куба» могла означать и кадушку, и бочонок. Следовательно, предок Кубаченко мог быть бондарем (изготовителем бочек) или винокуром — человеком, который гнал самогон или занимался варкой пива. Прозвище могли дать и по внешнему сходству: полному, «круглому» человеку, напоминающему бочонок.

Вторая, менее распространённая версия связывает основу с каноническим именем Куприян (разговорная форма Куба, Купа). Но это объяснение слабее: форма Куба из Куприяна встречается редко, и в украинской традиции такое имя почти не фиксируется.

Географически фамилия Кубаченко типична для центральных и восточных областей Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), откуда она впоследствии распространилась на юг России и в Причерноморье. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего записаны как казаки или крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в украинском языке существует параллельная форма Кубачук (с суффиксом -ук), что означает то же самое, но образована по другой модели. Обе фамилии — родственники, но Кубаченко указывает на более раннее происхождение: суффикс -енко в украинских фамилиях активнее использовался в XVI–XVII веках, тогда как -ук закрепился позже, на западе и севере Украины.