Фамилия Кубачева — женская форма фамилии Кубачев, которая образована по самой распространённой в русском языке модели с суффиксом -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий, и означал он принадлежность: Кубачев — это буквально «сын Кубача» или «человек из семьи Кубача».

Спорный момент — происхождение самого прозвища Кубач. Самая правдоподобная версия связывает его с тюркским словом «куба» — «бледный, светло-жёлтый, буланый» (масть лошади). В тюркских языках суффикс -ч образует уменьшительные или характеризующие имена. Тогда Кубач — это человек со светлыми волосами или бледной кожей, либо прозвище по масти коня. В пользу тюркского корня говорит и география: фамилия Кубачев встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах активного русско-тюркского контактирования.

Менее вероятная, но упоминаемая в любительских генеалогиях версия — связь с диалектным глаголом «кубачить» (в некоторых говорах — «кувыркаться, возиться»). Однако эта гипотеза слабая: отглагольные фамилии на -ач в русском языке редки, обычно они образовывались от названий профессий (ткач, скрипач), а не от бытовых действий. Тюркская этимология выглядит убедительнее.

Фамилия Кубачев не относится к дворянским и не фиксируется в старых боярских списках. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или служилых людей, получивших прозвище на границе русских и тюркских земель. В современных телефонных справочниках Кубачевы встречаются единично, что говорит о редкости фамилии.