Фамилия Кубаенко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, исторически означал «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Таким образом, Кубаенко — это «сын Кубая» или «потомок Кубая». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Кубай».

Здесь есть две основные версии, и первая кажется более убедительной. Корень «куб» в южнорусских и украинских говорах мог означать нечто округлое, короткое или толстое. Отсюда прозвище Кубай — для человека плотного телосложения, невысокого роста, или же для того, кто имел какую-то особенность, связанную с формой (например, короткую шею или круглое лицо). Вторая версия связывает фамилию с тюркским словом «куба» — бледно-жёлтый, серый. В степных регионах, где было сильно влияние тюркских языков, такое прозвище могли дать человеку со светлыми волосами или бледной кожей. Однако для фамилии с украинским суффиксом -енко первая, славянская версия более органична: она не требует объяснения, как тюркское прозвище попало в украинскую модель именования.

Географически фамилия Кубаенко тяготеет к левобережной Украине и южным областям России, граничащим с Украиной. Встречается она и в Краснодарском крае, куда её могли принести переселенцы из Малороссии в XVIII–XIX веках. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании прозвища.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность помещику или переписывались по отчеству, фамилии на -енко закрепились в среде казачества и крестьянства. Поэтому предки Кубаенко, скорее всего, были свободными землепашцами, казаками или мещанами, а не дворянами. Сословную принадлежность точно определить сложно, но сам тип фамилии указывает на непривилегированное происхождение.

Редкий суффиксальный вариант — не -енко, а -енк(о) с ударением на последний слог — тоже возможен, но в случае Кубаенко ударение почти всегда падает на второй слог: Куба́енко. Это отличает её от фамилий вроде Кубаненко, где корень уже «Кубань» и речь идёт о выходце с Кубани. Кубаенко же — это именно «сын Кубая», и прозвище Кубай могло быть дано за внешность или характер, а не по географическому признаку.