Фамилия Кубаевский образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от топонима Кубаево. Деревни и селения с таким названием широко распространены на территории России (Владимирская, Нижегородская области). Вполне вероятно, что предок Кубаевских родился или долгое время жил в одном из этих населенных пунктов. Интересно, что село Кубаево Владимирской области известно еще с XVI века. Так, в патриарших книгах 1645-1647 годов, упоминается, что оно было вотчиной помещиков Коробовых. В 1570 году Василий Васильевич Коробов продал Кубаево Троице-Сергиевому монастырю за 600 рублей. В том же году данное поселение купила за 400 рублей старица Александра Ситцкая «до своего живота». По её смерти село снова перешло во владение монастыря и оставалось его вотчиной до 1764 года. Само название поселений, возможно, восходит к древнетюркскому слову «кубай», которое на русский язык переводится как «бурлящая вода». По другой версии, в основе данного названия лежит имя первого поселенца – Кубай. Это старинное имя, образованное путем присоединения к тюркскому слову «куба» - «бледно-бурый» повелительного аффикса «-ай», сохранилось у сибирских и украинских татар. Так, в Книге памяти Орловской области упоминается священник Кубаевский Павел Степанович, родившийся в 1883 году в городе Десна Виленской губернии.