Фамилия Кубаевский — одна из тех, что указывает на конкретное место, откуда вышел род. Её основа — топоним Кубаево. Деревни и сёла с таким названием разбросаны по России, особенно во Владимирской и Нижегородской областях. Предок Кубаевских, скорее всего, либо родился, либо долгое время жил в одном из этих населённых пунктов, и прозвище «Кубаевский» закрепилось за ним как указание на родину.

Одно из таких сёл — Кубаево во Владимирской области — известно с XVI века. В патриарших книгах 1645–1647 годов оно значится как вотчина помещиков Коробовых. В 1570 году Василий Васильевич Коробов продал Кубаево Троице-Сергиеву монастырю за 600 рублей. В том же году село купила за 400 рублей старица Александра Ситцкая «до своего живота». После её смерти Кубаево вернулось монастырю и оставалось его вотчиной до 1764 года. Эта цепочка владельцев — от помещиков до монастыря — показывает, что село было ценным и обжитым местом, откуда и пошла фамилия.

Происхождение самого названия Кубаево спорное. Первая версия — от древнетюркского слова «кубай», что значит «бурлящая вода». Вторая — от личного имени Кубай. Это старинное имя, сохранившееся у сибирских и украинских татар, образовано от тюркского «куба» («бледно-бурый») с добавлением повелительного аффикса «-ай». Имя могло принадлежать первому поселенцу, который основал деревню.

Фамилия образована по типичной модели: к названию места добавили суффикс -ский, который в русской ономастике часто указывал на принадлежность к местности или сословию. Кубаевские — не крестьянский род, а скорее выходцы из духовенства или служилых людей. В Книге памяти Орловской области упоминается священник Кубаевский Павел Степанович, родившийся в 1883 году в городе Десна Виленской губернии. Эта запись — редкое документальное подтверждение того, что фамилия бытовала в среде духовенства, а её носитель мог служить в храме далеко от исконных «кубаевских» земель.

Таким образом, фамилия Кубаевский — пример топонимического прозвища, которое закрепилось за родом из конкретного села. Разброс возможных основ (тюркское слово или личное имя) и длинная история самого Кубаева делают эту фамилию интересным объектом для изучения, хотя точных данных о едином корне всех носителей пока нет.