Фамилия Кубацкий образована от прозвища или имени Куба с помощью суффикса -цк-, типичного для польской и западнорусской (белорусской, украинской) традиции. Этот суффикс указывает на происхождение по месту жительства или на принадлежность к роду, но в данном случае он, скорее, закрепился по модели «Куба + -цкий» как патроним, то есть обозначение потомка человека по имени Куба.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение основы. Имя Куба (Кубай) было распространено у татар и других тюркских народов, а затем через контакты перешло к русским и украинцам. В этом случае Кубацкий буквально означает «сын Кубы» или «человек из рода Кубы». Тюркские имена нередко становились основой для славянских фамилий, особенно в южных и восточных регионах, где смешение культур было обычным делом.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище Куба с глаголом «кубить». В русских говорах этот глагол имел несколько значений: «гнуть, сгибать», «горбиться» или «клониться». Отсюда Кубой могли прозвать низкорослого, широкоплечего, сутулого человека — по характерной фигуре. Такие прозвища по внешности давали часто, и они легко закреплялись за потомками.

Окончательно определить точное место и время возникновения фамилии Кубацкий можно только в ходе глубоких генеалогических изысканий. Однако уже сейчас ясно, что её носители — потомки человека, которого в округе знали как Кубу, независимо от того, было это тюркское имя или славянское прозвище.