Фамилия Кубаев — один из примеров того, как тюркское имя или прозвище прочно вошло в русскую фамильную систему. В основе фамилии лежит древнее мужское имя Кубай, которое восходит к слову «куба» — «бледно-бурый», «сероватый». Так могли назвать человека по цвету волос, масти коня или по смуглому оттенку кожи. Компонент «-ай» в этом имени — характерный призывно-повелительный аффикс, часто встречающийся в татарских и башкирских именах.

Фамилия Кубаев относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих начало от тюркских носителей — выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Соответственно, своими корнями она уходит в XV–XVII века, когда активно шло проникновение инонациональных основ в состав русских фамилий. Этот процесс подкреплялся историческим фактом: многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими, и их родословные часто подтверждаются соответствующими восточными именами родоначальников.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кубай добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Кубаевы — это потомки человека по имени Кубай. Встречается вариант написания через «о» — Кубаёв, что связано с диалектными особенностями произношения. Географически фамилия больше всего распространена в Поволжье и на Урале, особенно среди татар, башкир и чувашей.

Несмотря на то, что фамилия Кубаев не принадлежит к числу самых известных, она представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры. В ней сохранилось древнее тюркское имя, которое сегодня уже почти не встречается в быту, но продолжает жить в фамильном наследии.