Фамилия Кубаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кубаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кубаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Кубаев образована от древнетюркско-татарского мужского имени Кубай. Это старинное имя восходит к слову «куба», что значит «бледно-бурый». Компонент -ай является призывно-повелительным аффиксом, нередко употребляющемуся у татар в качестве именного. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кубаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Кубаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.