Фамилия Кубадов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — топоним Кубада, а точнее, Кубата (вариант написания, закрепившийся в русской передаче). Речь о селе Кубата в Хунзахском районе Дагестана, одном из аварских аулов. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, типичную для документов XIX — начала XX века, когда горцам Северного Кавказа при переписях и воинском учёте массово давали фамилии по названию родного села. Так Кубада становился Кубадовым — «выходец из Кубаты».

Менее вероятно, хотя и не исключено, что основа — тюркское прозвище Кубада. В тюркских языках «куба» означает «бледный», «светлый», «сероватый», а -да — возможный аффикс обладания. Тогда Кубада — «светлолицый» или «сероватый» (по цвету волос или масти). Но для фамилии Кубадов эта версия слабее: во-первых, модель «прозвище + -ов» у тюркских народов встречается реже, чем топонимическая; во-вторых, в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фиксаций такой основы нет, а концентрация носителей в Дагестане подтверждает первую гипотезу.

Фамилия недвусмысленно указывает на аварское происхождение предка. Скорее всего, носители Кубадовых — потомки уроженцев Хунзахского района, где фамилия до сих пор встречается чаще, чем где-либо ещё. В советское время, с миграцией горцев в города, Кубадовы появились в Махачкале, Кизляре, а затем и за пределами республики, но корень остался прежним — конкретное село в горах Дагестана.