Фамилия Кубатова — женская форма фамилии Кубатов. В основе лежит либо тюркское личное имя, либо прозвище, и здесь есть две основные версии, обе вполне правдоподобные.

Первая и самая вероятная: корень «кубат» восходит к арабскому имени Кубат (Qubat) или его тюркской переработке. В арабском это имя связано с корнем, означающим «купол», «вершина», «возвышение», и могло даваться с пожеланием высокого положения или как символ защиты. У тюркских народов, особенно у башкир, татар и казахов, имя Кубат встречается в исторических документах, а фамилии на -ов/-а отсюда — обычное дело.

Вторая версия: Кубатов могло быть образовано от прозвища Кубат, связанного с диалектным словом «куба» — так в некоторых русских говорах называли короткий тулуп или безрукавку из овчины, а также бурку у казаков. Тогда Кубат — человек в такой одежде, либо тот, кто её шил, то есть скорняк или овчинник. Но эта версия слабее: прозвища от предметов одежды обычно образуются с суффиксами -ник, -щик, а не напрямую, и фамилия Кубатов почти не встречается в чисто русских регионах.

География фамилии указывает на её восточное происхождение. Кубатовы — нередкая фамилия среди башкир, татар, а также у народов Кавказа, например у осетин и кумыков. В русских метрических книгах XIX века фамилия встречается редко, что подтверждает её тюркскую основу. Ударение в фамилии, скорее всего, на второй слог: Куба́това, хотя в разных регионах могло смещаться.

Суффикс -ов в мужской форме — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Кубата». Женская форма Кубатова закрепилась как фамилия по мужу или отцу, без дополнительных смысловых оттенков. Таким образом, предки современной носительницы фамилии, скорее всего, были тюркоязычными людьми, носившими имя Кубат, а сама фамилия несёт в себе память о пожелании высоты и достоинства, заложенном в имени.