Фамилия Кубатько — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была особенно характерна для Левобережной Украины и Поднепровья. Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял роль уменьшительности или принадлежности, но к XIX веку закрепился как типовой фамильный показатель, аналогичный русским -ов/-ев. Кубатько — не исключение: основа здесь — Кубат, а -ьк- и -о — это патронимический суффикс и окончание, указывающие на сына или потомка человека по прозвищу Кубат.

Само прозвище Кубат — тёмное и редкое. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным украинским словом «кубат» или «кубатий» — неуклюжий, мешковатый, неповоротливый человек. В говорах Черниговщины и Полтавщины так могли назвать медлительного или грузного мужчину. Менее убедительна гипотеза о связи с тюркским «куба» (бледно-жёлтый, светлый) или с арабским именем Кубат — для украинской среды это экзотично и не подкреплено географией фамилии.

В реестрах запорожских казаков и переписных книгах Гетманщины фамилия не встречается, что указывает на её позднее оформление — скорее всего, во второй половине XVIII — начале XIX века, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по прозвищам. Кубатько могло закрепиться за одним родом в конкретном селе, а не быть распространённым по всей Украине.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кубат, Кубатенко, Кубатов — показывает, что Кубатько стоит ближе к западноукраинской или подольской модели, где суффикс -ько встречается чаще, чем в центральных областях. Сегодня фамилия встречается рассеянно: в Украине — преимущественно в Винницкой и Хмельницкой областях, в России — единичные носители, вероятно, потомки переселенцев конца XIX века.

Таким образом, Кубатько — это прозвищная фамилия, которая говорит о внешности или характере предка: скорее всего, его звали Кубат за медлительность или грузность. Никакого знатного происхождения или редкого ремесла за ней не стоит — обычная крестьянская фамилия, каких тысячи, но с характерным украинским звучанием и неочевидной этимологией.