Фамилия Кубатина образована от прозвища Кубата. В основе лежит слово «кубата» — так в архангельских говорах называли большую крынку, а в орловских — ситный хлеб. Прозвище могло закрепиться за пекарем сдобного хлеба или за гончаром, делавшим крынки. Однако более вероятная версия связана с внешностью: в старину названия крупных ёмкостей часто давали полным людям. Такое явление было повсеместным и воспринималось без обид. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Кубатина», то есть жена или вдова Кубаты, либо дочь. Со временем форма закрепилась как фамилия. Встречается она редко, и её носители, скорее всего, родом из северных или центральных областей России, где слово «кубата» было в ходу.