Фамилия Кубатин — одна из тех, что образованы от прозвища через простой и распространённый суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Кубатин значит «сын Кубатки» или «человек из рода Кубатки». Само прозвище Кубатка многозначно, и чтобы понять, кем мог быть предок, нужно заглянуть в диалекты.

В архангельских говорах кубаткой называли большую крынку, глиняный сосуд для молока. В орловских краях то же слово означало «ситный хлеб», то есть сдобную выпечку из просеянной муки. Отсюда первая версия: прозвище могли дать пекарю или гончару — тому, кто делал крынки или пек хлеб. Однако более вероятно, что прозвище носило не ремесленный, а бытовой, описательный характер.

В старину названия объёмных предметов — кадушка, бочка, крынка — охотно переносили на людей крепкого телосложения. Полного человека могли в шутку, но без злобы назвать Кубаткой. Такая модель прозвищ была повсеместной и воспринималась спокойно, без обидного оттенка. Поэтому потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию Кубатин — по отцу, которого в деревне знали как Кубатку.

Фамилия редкая и географически привязана к северным и центральным областям России, где бытовали соответствующие говоры. Встречается она и сегодня, но массовой не стала — это как раз тот случай, когда фамилия сохранила память о диалектном слове, почти ушедшем из живого языка.