Фамилия Кубатко звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её происхождение почти наверняка связано с украинским или белорусским языковым фоном. Ключ к разгадке — суффикс -ко, один из самых распространённых в украинской ономастике. В антропонимике этот суффикс выполняет две основные функции: он может указывать на уменьшительно-ласкательное значение (например, от имени или прозвища) либо обозначать принадлежность к роду или местности («сын такого-то» или «родом оттуда-то»). В фамилии Кубатко суффикс, скорее всего, оформил прозвище.

Основа фамилии — Кубат. Здесь есть несколько версий, и самая прямая отсылает к тюркским языкам. Слово «куба» (или «кубат») в ряде тюркских наречий означает «бледный», «светлый», «белёсый». Прозвище Кубат могли дать человеку с очень светлыми волосами или кожей, что на юге, где тюркское влияние было сильным, сразу бросалось в глаза. Эта версия подкрепляется тем, что на юге Украины и в степных районах России фамилии с корнем «куб-» встречаются чаще.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с арабским именем Кубат (или Куббат), которое означает «купол» или «вершина». Однако такое имя — редкость, и проникнуть в крестьянскую среду Украины ему было бы сложно, в отличие от бытового прозвища.

Третья версия — славянская. В некоторых говорах «кубат» могло быть искажением слова «кубатый» — то есть полный, толстый, похожий на куб. Но эта гипотеза слабее: слово «куб» в значении «толстяк» в русских говорах фиксируется, но суффикс -ат- в прозвище дал бы форму Кубатый, а не Кубат. Скорее всего, Кубат — это сокращение от более длинного прозвища или заимствование.

Таким образом, наиболее правдоподобная картина: предок носителя фамилии Кубатко жил на территории современной Украины или юга России и получил прозвище Кубат — за светлый цвет волос или кожи, что было отмечено соседями-тюрками. Позже это прозвище закрепилось за его потомками с помощью типичного украинского суффикса -ко. Фамилия не дворянская и не книжная, а народная, прозвищная, что типично для огромного пласта восточнославянских фамилий.