Фамилия Кубатый — наглядный пример того, как тюркское слово стало русским прозвищем, а затем и фамилией. В её основе лежит тюркское «куба» — «бледно-жёлтый», «светлый», «пепельный», а также «сивый» (о масти лошади). Суффикс -тый в русской ономастике редок: он указывает на качество, свойство, как в словах «горбатый», «бородатый». Таким образом, Кубатый — это человек со светлыми, пепельными волосами или, что вероятнее для прозвищного происхождения, тот, кто владел лошадью «кубатой» масти (сивый, серый с желтизной конь). В тюркских языках слово «куба» могло также означать «смуглый» или «рыжеватый», поэтому точный оттенок волос или масти зависел от местной традиции.

Фамилия бытует преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах длительного русско-тюркского контакта. Она встречается у русских, татар и башкир, но в каждом случае оформлена по-своему. У русских фамилия застыла в форме краткого прилагательного (Кубатый), у татар и башкир она чаще принимает суффикс -ов: Кубатов. Это типичный случай, когда одна и та же основа даёт разные фамилии в зависимости от этнической и языковой среды. В татарской среде «Кубатый» может быть искажением имени Кубат (от арабского «кувват» — сила, мощь), но эта версия менее вероятна, так как ударение и суффикс указывают на описательное прозвище, а не на арабское имя.

С точки зрения социального статуса, Кубатый — фамилия недворянская. Она могла принадлежать крестьянину, казаку или посадскому человеку, которого прозвали за внешность или за то, что он держал лошадей светлой масти. В документах XVII–XVIII веков, например, по Казанскому краю, встречаются записи о людях с прозвищем Кубат, что подтверждает бытование слова до его закрепления в качестве фамилии. Фамилия не вошла в списки столбового дворянства, но это не делает её редкой: по данным современных телефонных справочников, Кубатых больше всего в Башкортостане и Оренбургской области.