Фамилия Кубенцов — результат долгой цепочки преобразований, уходящей корнями к библейскому имени Иаков. Сначала оно перешло в обиходную форму Яков, затем, под влиянием западных соседей, появился вариант Якуб. От него образовали уменьшительное Якубеня, которое сократили до Кубеня, а от него — Кубенец. Фамилия Кубенцов — это типичный пример русского «сыновьего» патронима: так называли потомка человека по прозвищу Кубенец. Суффикс -ов в конце указывает на принадлежность («чей сын?» — Кубенцов).

Имя Иаков, из которого всё вышло, переводится с древнееврейского как «второй по рождению». В библейском сюжете двенадцать сыновей Иакова от двух жён и двух наложниц стали родоначальниками 12 колен Израилевых. К фамилии Кубенцов это имеет лишь косвенное отношение, но показывает, насколько глубоко уходит её этимология.

Стоит обратить внимание на географию. Фамилия редкая и, судя по карте расселения, тяготеет к южным и центральным областям России — Ростовской, Волгоградской, Воронежской. Это косвенно подтверждает западнославянский след: форма «Якуб» в русском языке встречалась чаще на территориях, имевших контакты с украинским или польским населением.

В отличие от фамилий, образованных от названий профессий или ремёсел (Кузнецов, Плотников), Кубенцов целиком построена на личном имени. Это говорит о том, что родоначальник не имел прозвища по занятию или внешности — его выделяли только по имени, что характерно для ранних этапов формирования русских фамилий в XVI–XVII веках.