Фамилия Кубенцов, вероятно, образована от уменьшительной формы имени Якуб (Яков) — Кубенец. Такая форма возникла после ряда трансформаций исходного крестильного имени: Иаков < Яков < Якуб (западно-славянская форма) < Якубеня < Кубеня < Кубенец. Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Двенадцать сыновей Иакова от двух жен (Лии и Рахили) и двух наложниц (Зелфы и Баллы) стали родоначальниками 12 колен (племен) израилевых. Таким образом, потомок человека, которого звали Кубенец, со временем получил фамилию Кубенцов.