Фамилия Кубенцова отсылает к личному имени или прозвищу дальнего предка — Кубенец. Скорее всего, это не географическое название, а результат цепочки звуковых изменений крестильного имени Иаков. Слово прошло долгий путь: от древнееврейского Иаков («второй по рождению») через западнославянскую форму Якуб к уменьшительным вариантам Якубеня, Кубеня и, наконец, Кубенец. Такие сокращения — обычное дело в бытовой речи, когда длинное имя «обкатывали» до удобного в общении прозвища.

Основа фамилии — Кубенец — мужское прозвище, которое в XVI–XVII веках могли дать человеку, носившему имя Яков в его народной, «опрощенной» форме. Суффикс -ец в прозвище указывал на принадлежность или характерную черту (ср. удалец, купец), но в данном случае он превратил имя в самостоятельное обиходное прозвание. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кубенец добавили патронимический суффикс -ов, получив буквальное значение «сын Кубенца». Фактически фамилия означает «принадлежащий к роду Кубенца», то есть потомок человека по прозвищу Кубенец.

Поскольку прозвища на -ец редко встречались в высших сословиях, можно с большой вероятностью предположить, что основатель рода Кубенцовых был выходцем из крестьянской или посадской среды. Никаких документальных свидетельств о знатном происхождении этой фамилии не обнаружено — это типичная крестьянская или мещанская фамилия центральных и северных областей России.

Интересно, что фамилия Кубенцов встречается относительно редко. У неё есть близкая однокоренная параллель — Кубенцев, где суффикс -ев указывает на ту же основу, но с иной фонетической огласовкой. Оба варианта восходят к одному корню, и разница в написании — скорее результат местных говоров или ошибок писцов, чем разное происхождение.