Фамилия Кубенцов образована от прозвища или неканонического имени Кубенец. Происхождение этого имени неочевидно, и у специалистов есть разные версии.

Наиболее вероятное объяснение ведет к уменьшительной форме имени Яков. Цепочка преобразований выглядит так: крестильное имя Иаков (в переводе с древнееврейского — «второй по рождению») через западнославянскую форму Якуб дало основу Якубеня, которая сократилась до Кубеня, а затем и до Кубенец. В таком случае Кубенец — это ласкательное прозвище человека по имени Яков, а фамилия Кубенцов буквально означает «потомок Кубенца».

Вторая версия связывает фамилию не с именем, а с географическим названием. В бассейне реки Кубени, на границе Вологодской и Архангельской областей, находится Кубенское озеро. Выходец с этих мест мог получить прозвище Кубенец или Кубенской, от которого и пошла фамилия. Эта версия менее популярна в справочниках, но имеет право на существование, особенно учитывая, что в северорусских говорах слово «кубеня» означало «неповоротливый, медлительный человек», что тоже могло стать основой для прозвища.

Фамилия Кубенцов — относительно редкая. Она встречается в центральных областях России и в Зауралье. Судя по суффиксу -ов, она сформировалась в среде, где фамилии давали по отцу (чей? — Кубенцов), и относится к типичной модели русских фамилий, закрепившейся в XVI–XVII веках. Однозначно установить, от имени или от прозвища по месту жительства она произошла, можно только в ходе углубленного генеалогического поиска по конкретной семье.