Фамилия Кудтусова — женская форма мужской фамилии Кудтусов. Сама по себе фамилия редкая, и её корни уходят не в славянские имена и прозвища, а в тюркский мир. Разбирать её стоит не с типичного «от имени Ивана», а с географической привязки и религиозного контекста.

Основа фамилии — имя или прозвище Кудтус. Это искажённое на русской почве арабское имя «Куддус» (аль-Куддус — «Святой», один из эпитетов Аллаха). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Куддус (варианты: Коддус, Кутдус) было распространено как мужское личное имя. Прибавление русского суффикса принадлежности -ов (в женском роде -ова) превратило его в фамилию: «сын Кудтуса» или «из рода Кудтуса».

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где русская модель фамилеобразования стала нормой для нерусских народов. Чаще всего такие фамилии встречаются у татар, башкир, а также у крещёных тюркских народов Поволжья. Встречается написание через «о» — Кутдусова, что ближе к исходному произношению, но вариант с «у» (Кудтусова) — результат народной перестановки звуков или диалектного произношения.

Родственными по корню можно считать фамилии Куддусов, Кутдусов, Кутдусова. Все они восходят к одному имени, означающему святость и чистоту в исламской традиции. Носитель такой фамилии мог быть потомком человека, получившего имя в честь религиозного понятия, что в тюркской среде было делом обычным.

Социального статуса предков по одной фамилии не определить: имя Куддус носили и муллы, и крестьяне. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской и Челябинской областям. В дореволюционных переписях она почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении (вторая половина XIX века), когда крестьянам массово давали фамилии по отцу.