Фамилия Кудусова — женская форма, а её мужской вариант Кудусов. При взгляде на эту фамилию сразу бросается в глаза нетипичный для русского языка корень: «кудус» не имеет славянских параллелей в значениях «ремесло», «животное» или «внешность». Это верный признак того, что основа фамилии — не русская, а тюркская или, реже, монгольская.

Самая вероятная версия связывает фамилию с мужским личным именем Куддус (араб. «святой», «пречистый»), которое в исламской традиции восходит к эпитету Аллаха «аль-Куддус». Через татарских, башкирских или казахских посредников имя могло трансформироваться в Кудус (с потерей двойной буквы в произношении). В таком случае фамилия Кудусов буквально означает «потомок Кудуса» и образована по русскому патронимическому суффиксу -ов/-ев, который в Поволжье и на Урале массово добавляли к тюркским именам.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища Кудус, которое у некоторых тюркских народов могло означать «упрямый», «несговорчивый» или «дикий» (ср. кирг. «кудус» — «злой», «своенравный»). В этом случае фамилия отражала бы характер конкретного человека, а не имя предка.

Носители фамилии Кудусова сегодня встречаются в основном в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахской диаспоры. Это указывает на то, что в XIX веке фамилия закрепилась в среде поволжских татар и башкир, которые первыми из тюркских народов активно переходили на русскую модель фамилий. Сословно предки Кудусовых скорее всего были государственными крестьянами или представителями служилого татарского сословия, а не дворянами — фамилия не встречается в родословных книгах русского дворянства.

Любопытно, что в русском языке фамилия выглядит как «отчественная» (на -ов), но по сути является «отцовской»: она не описывает занятие, а называет родоначальника по имени или прозвищу. Если бы не суффикс, её можно было бы спутать с тюркской фамилией без окончания (например, казахской Кудус).