Фамилия Кудус — редкий для русской ономастики случай, когда основа не славянская, а тюркская или арабская, а оформление — без типичного русского суффикса. В этом её главная особенность: она не склоняется по модели «Кудусов» или «Кудусин», а остаётся в чистом виде, как прозвище или имя, перешедшее в фамилию напрямую.

Самое вероятное объяснение — происхождение от арабского имени Кудус (аль-Куддус), что в переводе означает «Святой», «Священный». Это один из эпитетов Аллаха в исламе, но в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) оно нередко использовалось как личное имя, данное в честь религиозного понятия. Встречается и форма «Куддус» с удвоенной «д», но в русской записи удвоение часто терялось. Таким образом, предок носителя фамилии мог носить имя Кудус, которое при переписи или в документах закрепилось за его потомками без изменений.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркским словом «кудус» или «кудыс» — так в некоторых диалектах называли небольшой колодец, родник или яму для хранения воды. В этом случае прозвище Кудус мог получить человек, живший у такого источника или занимавшийся рытьём колодцев. Однако эта гипотеза слабее, так как имя Кудус встречается в исламских регионах гораздо чаще, чем бытовое прозвище.

Географически фамилия Кудус тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением, а также к Северному Кавказу, где распространены арабские имена в тюркской обработке. Встречается она и у кумыков, ногайцев. В центральной России — большая редкость. Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия могла закрепиться поздно, уже в XX веке, когда при паспортизации оставляли исходную форму имени, не добавляя «-ов» или «-ин».

Сравните с однокоренными фамилиями: Кудусов, Куддусов — они встречаются чаще и как раз образованы по русской модели. Кудус же — более архаичный или сознательно сохранённый вариант, который прямо указывает на мусульманское имя предка.