Фамилия Кудукенева — редкий случай, когда географическая привязка и этническая основа почти не оставляют сомнений в происхождении. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта фамилия явно восходит к тюркскому корню и, скорее всего, сформировалась на территории, где смешивались тюркские и славянские диалекты.

Основа фамилии — слово «кудук» (варианты: «кудык», «кутук»). В тюркских языках, от татарского до казахского и башкирского, оно означает «колодец». Прозвище Кудук могли дать человеку, который жил у колодца, копал колодцы или владел землёй с водным источником. Такие прозвища были практичными: они указывали на место жительства или занятие, не требуя дополнительных пояснений.

Суффикс «-енев» в фамилии Кудукенев (женская форма — Кудукенева) — характерная черта для фамилий, возникших в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием, например, в Оренбуржье, Башкортостане, Татарстане или на Южном Урале. Эта модель образования отличается от стандартной русской: она использует тюркский аффикс принадлежности «-ен» (иногда «-ын»), к которому уже добавили русский фамильный суффикс «-ев». То есть фамилию строили по схеме: Кудук (прозвище) → Кудукен (буквально «сын Кудука», «принадлежащий Кудуку») → Кудукенев. Получается, что предок носителя фамилии был не просто «Кудуковым» (чей-то сын), а именно «Кудукеневым» — потомком человека, которого называли Кудукен.

Версия о происхождении от личного имени Кудук менее вероятна. В тюркской ономастике имена со значением «колодец» встречаются, но редко и чаще как часть сложных имён-оберегов (например, Кудукбай). Самостоятельное имя Кудук — скорее исключение, чем правило.

Таким образом, Кудукеневы — это потомки человека по прозвищу Кудук, которое указывало на его связь с колодцем. Фамилия недвусмысленно говорит о тюркских корнях и, вероятно, о том, что предки жили в степной или лесостепной зоне, где колодец был важной точкой на местности. По социальному составу это, скорее всего, крестьянская или казачья фамилия — среди служилых людей и крестьян юго-восточных окраин России такие прозвища были обычным делом.