Фамилия Кудукупов на первый взгляд кажется громоздкой и необычной для русского уха, но её устройство довольно прозрачно. В её основе лежит тюркское имя Кудукуп (или Кудук-Куп), которое состоит из двух частей: «кудук» (колодец) и «куп» (много, обильный). Имя Кудукуп в буквальном переводе означает «много колодцев» или «обильный колодцами». Такие имена в тюркской среде были не случайны — в засушливых степях и полупустынях наличие воды определяло выживание, и имя могло даваться ребёнку как пожелание богатства, довольства и благополучия, ассоциирующегося с источником воды. Встречаются и более прозаичные трактовки: прозвище Кудукуп мог получить человек, живший у большого колодца или занимавшийся их рытьём.

Словообразовательная модель фамилии — классическая для русских фамилий, образованных от тюркских имён. Суффикс -ов присоединился к основе Кудукуп, превратив имя отца (Кудукуп) в фамилию его потомков. Это типичный случай, когда нерусское по происхождению имя было адаптировано русской административной системой при переписях или вхождении в состав Российской империи. По сути, Кудукупов — это «сын Кудукупа» или «из рода Кудукупа».

В отличие от многих фамилий, где корень спорен, здесь лингвистическая картина ясна. Спор может возникнуть лишь о том, было ли имя Кудукуп личным или прозвищным. В тюркской ономастике имена-пожелания (апеллятивы) были широко распространены, поэтому версия с личным именем выглядит предпочтительнее. Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы — Поволжье, Урал, юг Сибири, Казахстан. Встречается она нечасто, и это делает её особенно ценной для носителей: она чётко указывает на конкретное имя предка, а не на размытую профессию или внешность.

Стоит отметить, что фамилия могла претерпеть изменения в написании. В старых метрических книгах или ревизских сказках можно встретить варианты Кудукупов, Кудукуповъ, а также возможную форму Кудукупин (с суффиксом -ин, если основа оканчивалась на мягкий согласный или «а»). Однако закрепился именно вариант на -ов, что типично для заимствованных основ.