Фамилия Куэин — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом уводит от привычной русской словообразовательной модели. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу настораживает: перед нами не исконно русская фамилия, а скорее всего, адаптированная иноязычная.

Самая вероятная версия — фамилия Куэин восходит к английской или шотландской фамилии Queen. По-английски queen означает «королева», но как фамилия она могла возникнуть не от титула, а от прозвища человека, который работал на королеву (например, управляющий королевским поместьем) или играл роль королевы в средневековых мистериях. В русском языке такое слово передали бы как «Куин» или «Куинн», но написание «Куэин» — это калька с латиницы, где буквосочетание ue читается как дифтонг, близкий к русскому «уэ». Такая передача характерна для конца XIX — начала XX века, когда фамилии записывали со слов, стараясь максимально точно передать звучание.

Менее вероятно, но не исключено, что Куэин — это русифицированная форма немецкой фамилии Quein или голландской Kuijn. В этом случае корень мог быть связан с диалектным словом, обозначающим «клин» или «угол» — то есть прозвище человека, жившего на углу или обрабатывавшего клиновидный участок земли. Однако для немецких фамилий типичнее окончание -er или -mann, поэтому английская версия убедительнее.

Встречаемость фамилии Куэин в России крайне низкая. Если она и фиксируется, то в основном в крупных городах или в среде потомков иностранных специалистов, приезжавших в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Носители такой фамилии — почти наверняка потомки англичан, шотландцев или, реже, немцев, чья фамилия была записана на слух и закрепилась в таком виде. Из-за редкости фамилия не обросла легендами и не попала в массовые справочники, поэтому каждый её случай — отдельная семейная история, которую можно восстановить только по архивным записям.