Фамилия Куфонин встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, стоит заглянуть в разговорную лексику русских говоров. В ряде диалектов, особенно на севере и в центральной России, слово «куфня» или «куфняк» означало нечто несуразное, нескладное, а также могло относиться к человеку — неряхе, растяпе или просто чудаку. Прозвище Куфоня, от которого и пошла фамилия, мог получить неопрятный или неловкий человек. Впрочем, в некоторых областях «куфня» называли также кашу или похлёбку, так что не исключено, что прозвище закрепилось за любителем поесть или поваром.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Куфони». Базовая форма прозвища Куфоня, а фамилия Куфонин фиксирует, что предок был именно Куфониным сыном. Подобные фамилии на -ин чаще всего возникали в северных и центральных губерниях, где бытовала такая модель, в отличие от южных, где преобладал суффикс -ов.

Интересно, что фамилия Куфонин не имеет очевидной связи с церковными или княжескими именами. Это яркий пример прозвищной фамилии, образованной от бытового, диалектного слова. Если обратиться к словарю Б. Унбегауна, то подобные фамилии он относит к разряду «от прозвищ по внешним или внутренним качествам», что делает Куфонина близким по типу к фамилиям Неустроев, Задорожный или Косоруков, но с более редкой основой.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. В дореволюционных переписях Куфонины чаще всего встречались в Вологодской и Архангельской губерниях, а также в Поволжье — в Нижегородской и Костромской. Это подтверждает диалектную природу корня: именно в этих краях слово «куфня» было в ходу. В советское время фамилия разошлась шире, но осталась малочисленной.

Учитывая, что прозвище могло иметь ироничный оттенок, не стоит воспринимать его как обидное. В крестьянской среде такие прозвища давали без злого умысла, часто замечая какую-то характерную черту — смешную походку, привычку или внешность. Со временем прозвище стало фамилией, и его первоначальный смысл стёрся.