Фамилия Кугомова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, стоит отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность) и посмотреть на основу «Кугом». В русском языке такого слова нет, что заставляет искать иноязычные или диалектные истоки.

Наиболее вероятна финно-угорская версия. В языках народов Поволжья — марийском, удмуртском, коми — встречаются основы «куг» или «куго», означающие «большой», «старший», «главный». Например, в марийском «кугу» — «большой», а «кугыза» — «старик» или «дед». Вторая часть «-м» может быть остатком суффикса или частью слова, обозначающего человека (ср. «кугома» — нечто большое или старшее). Таким образом, Кугомов могло быть прозвищем большого, рослого человека или уважаемого старшего в роду. Суффикс -ов указывает, что фамилия формировалась в русской среде, скорее всего, при переходе из тюркских или финно-угорских имён в русскую фамильную модель.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили финно-угорские народы: это Кировская область, Удмуртия, Марий Эл, Татарстан. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от названия деревни или конкретного рода. Сравните с фамилиями Кугушев, Кугубаев — они имеют схожую основу и распространены в тех же местах.

Менее правдоподобна, но возможна тюркская версия: от слова «кугу» в значении «лебедь» (в некоторых тюркских языках) или от имени Кугом (как варианта имени Кугей). Однако фонетика фамилии (окончание на -ом) больше напоминает финно-угорские модели, где такие окончания обычны для личных имён.

Сословно носители фамилии Кугомова, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами — в тех краях дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не древняя, она закрепилась в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам или именам предков.