Фамилия Кугоян — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ян указывает на армянское происхождение: это патронимический суффикс, означающий «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок». В русском языке такие фамилии часто получали окончание -ян вместо исконного -ов/-ев при адаптации, но основа оставалась иноязычной. Таким образом, Кугоян — это «из рода Куго» или «сын Куго».

Основа «Куго» — самая спорная часть. В армянском языке есть слово «куг» (куг) — «сила», «мощь», но это лишь одно из возможных объяснений. Более вероятно, что корень восходит к личному имени или прозвищу. В тюркских языках, с которыми армянский веками соседствовал, встречается основа «куг» или «кук» со значением «голубой», «синий» (ср. турецкое «gök»). Прозвище по цвету — обычное дело для многих культур: так могли назвать человека с голубыми глазами или того, кто носил одежду этого цвета. Третья версия связывает фамилию с диалектным армянским «куг» — «кувшин», «сосуд», что могло указывать на гончарное ремесло предка.

География фамилии Кугоян подтверждает её армянские корни. Основная масса носителей сосредоточена в Армении и в регионах с компактным проживанием армянской диаспоры — в Краснодарском крае, Ростовской области, Ставрополье. В центральной России фамилия встречается редко и, скорее всего, принесена мигрантами советского периода. Сословной принадлежности по фамилии не установить: армянские фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство, и купцы.

В русском языке фамилия Кугоян склоняется как существительное мужского рода: Кугояна, Кугояну, Кугояном. Женский вариант не склоняется. Ударение, судя по произносительной традиции, падает на последний слог — Кугоя́н, хотя в армянском оригинале ударение могло быть на первом.