Фамилия Кагоян — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение — армянские корни. В армянском языке суффикс «-ян» (или «-янц») — один из главных патронимических показателей, то есть он указывает на принадлежность к роду: «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Основа «Каго» в таком случае — это либо личное имя (возможно, уменьшительная или диалектная форма от какого-нибудь армянского имени, например, Гагик или Геворг), либо прозвище, либо название ремесла.

Однако есть и другой, менее очевидный путь. Фамилия может быть тюркской по происхождению, но оформленной армянским суффиксом — такое встречается в регионах, где веками жили рядом армяне и тюркские народы (например, в Закавказье или на юге России). В тюркских языках «каго» или «кагы» может означать «твёрдый», «крепкий» или «сухой» — такое прозвище могли дать человеку с крепким здоровьем или суровым нравом. В этом случае фамилия Кагоян — гибридная, тюркская основа плюс армянский суффикс.

Географически фамилия Кагоян встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ставрополье, а также в Армении и среди армянской диаспоры. Это косвенно подтверждает армянскую версию, так как именно в этих регионах много армянских фамилий, оканчивающихся на «-ян». В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — скорее всего, она либо поздняя (начала XX века, когда многие армяне получали или меняли фамилии), либо её носители жили в тех местах, где метрические книги не сохранились.

Если отталкиваться от модели образования, то фамилия Кагоян — классический пример патронимической фамилии, где корень — личное имя или прозвище. Точное значение корня сегодня восстановить сложно, но ясно, что предок носителя фамилии был либо человеком по имени Каго (или с прозвищем Каго), либо происходил из семьи, где это имя было родовым.