Фамилия Какоян — редкий для русского уха пример армянской фамилии, образованной по модели, характерной для западных диалектов армянского языка. Её основа — личное имя или прозвище Как(о), а суффикс -ян указывает на принадлежность: «из рода Како» или «потомок Како». В отличие от восточноармянского варианта -янц, форма -ян (без конечного -ц) типична для фамилий, сложившихся в среде армян, переселившихся на территорию Российской империи, особенно в XIX веке.

Само имя Как (или Како) — это, скорее всего, уменьшительная или обиходная форма от крестильного имени, например, от Акоб (армянский вариант Иакова). В армянском языке такие сокращения обычны: Геворг превращался в Гев(о), а Акоб — в Как(о). Менее вероятно, хотя и не исключено, что в основе лежит прозвище, связанное с диалектным словом, означающим что-то вроде «крикливый» или «громкий» — в некоторых говорах «какал» обозначает шум, гам. Но версия с личным именем выглядит убедительнее, так как подавляющее большинство армянских фамилий на -ян образовано именно от имён.

Географически фамилия Какоян тяготеет к западным областям исторической Армении (территории современной Турции, такие как Эрзурум, Ван, Муш), откуда в XIX — начале XX века шла массовая миграция армян в Закавказье. В России и странах бывшего СССР фамилия встречается преимущественно в Краснодарском и Ставропольском краях, Ростовской области, а также в Армении. По сословной принадлежности предки Какоянов, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, поскольку фамилии на -ян без дополнительных княжеских или духовных маркеров (вроде приставки Тер- или окончания -уни) указывают на простое происхождение.

Интересная деталь: написание фамилии через «о» — Какоян, а не «Какаян» — закрепилось в русской передаче. В оригинале, по правилам армянской орфографии, в первом слоге пишется буква «ա» (а), которая в безударной позиции в русском языке перешла в «о» под влиянием акающих говоров или просто из-за особенностей транслитерации. В диаспорах, например в США или Франции, фамилию могут писать как Gagoyan (с передачей звука «к» через g), что создаёт путаницу при поиске родственников.