Фамилия Куилина — редкий случай, когда написание говорит о происхождении больше, чем звучание. Сразу бросается в глаза суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Куилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Куила. Но что такое «Куила»? В русском языке такого слова нет, и это главная загадка.

Скорее всего, перед нами не исконно русская, а заимствованная основа, которая попала в русскую ономастику через диалекты или соседние языки. Вероятнее всего, Куила — это вариант прозвища Куйла, которое встречается в севернорусских говорах (архангельские, вологодские). Там «куйла» — кузнечный молот, а в переносном смысле — человек грубый, сильный или упрямый, «бьющий» своё. Фамилии на -ин от таких прозвищ — Куйлин, Куилин — могли дать кузнецу или просто рослому мужику. Звук «й» в живой речи часто выпадает или сливается, поэтому Куйлина легко могла превратиться в Куилину.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа от тюркского или финно-угорского имени. В языках Поволжья встречаются корни «кул» (раб, слуга) или «куй» (песок, пустыня), но для фамилии Куилина такая этимология спорна — слишком много допущений. Гораздо проще объяснить её через русский диалект, тем более что фамилия географически привязана к Русскому Северу: большинство носителей Куилиных в документах XIX-XX веков встречаются в Вологодской и Архангельской губерниях, где «куйла» было обычным словом.

Таким образом, предок современной Куилиной — скорее всего, северный крестьянин, которого прозвали Куилой за силу или ремесло кузнеца. Фамилия не дворянская, не священническая, а народная, патронимическая по форме, но прозвищная по смыслу.