Фамилия Кухалис — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти безошибочно, не заглядывая в переписи. Это литовская фамилия, и её выдают не только корень, но и суффикс. В литовском языке суффикс -ис (-is) — один из самых распространённых патронимических показателей, указывающий на принадлежность к роду: «сын такого-то» или просто «относящийся к». В русской передаче он часто превращается в -ис, хотя в оригинале может звучать и как -ис, и как -ичюс в зависимости от диалекта.

Основа фамилии — «куха» (kū́cha). В литовском языке это слово имеет два значения, и оба могли стать прозвищем. Первое — «куча», «груда», «ворох». Так могли назвать человека плотного телосложения или того, кто работал с сеном, зерном, дровами — складывал их в кучи. Второе значение — диалектное, из жемайтского говора: «кухарка» или «повариха». В этом случае Кухалис — это литовский аналог русской фамилии Поваров, но с той же уменьшительной или патронимической окраской: «поварёнок» или «сын повара».

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает литовскую природу. В Литве встречаются Кухас, Кухайтис, Кухаускас — все от той же основы. В Беларуси и на северо-западе России (Псковщина, Смоленщина) фамилия могла появиться в результате полонизации или русификации: там её иногда записывали как Кухалис, Кухалевич или даже Кухальский. Но исходная модель — литовская, с характерным окончанием на -ис, которое в русском языке не склоняется по падежам как типичная фамилия (Кухалис, Кухалиса, Кухалису), что тоже выдает её иноязычное происхождение.

Если отталкиваться от прозвища «куха» в значении «куча», то род занятий предка мог быть связан с крестьянским трудом: скирдованием сена, укладкой дров или работой на гумне. Если же верна «кухарная» версия, то фамилия указывает на профессию, причём не обязательно мужскую — прозвище могли дать по матери, если она была кухаркой в усадьбе или корчме. В любом случае, Кухалис — фамилия недворянская, из простонародной среды, и её носители, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками на территории исторической Литвы.