Фамилия Куковица — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив исходный суффикс, несвойственный русской модели фамилий. В русском языке фамилии на -ица чаще встречаются у западных славян (чехов, поляков) или у украинцев и белорусов, поэтому носитель Куковицы с большой вероятностью имеет корни в западных областях России или в Беларуси.

Основу фамилии составляет слово «куковица». В говорах так называли кукушку (сравните украинское «зозуля» и польское «kukułka»). Прозвище Куковица могли дать человеку за сходство с этой птицей — например, за привычку повторять одно и то же, за громкий или монотонный голос, а иногда и за нелюдимость, ведь кукушка держится особняком. В некоторых диалектах «куковица» означала ещё и колыбель (от глагола «куковать» — укачивать, баюкать), но это значение менее вероятно для прозвища.

Суффикс -ица в белорусской и украинской традиции часто указывал на жену или дочь человека по его прозвищу: например, Куковица могла означать «жена Куковца». Однако в русском контексте фамилии на -ица обычно застывали в форме прозвища, без дополнительного значения родства. Встречается и вариант Куковец — от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением.

В польской ономастике фамилия Kukowica встречается чаще, чем в русской, и там она могла возникнуть от названия деревни Куковице или от прозвища, связанного с кукушкой. Для русских носителей фамилии Куковица характерна концентрация в Псковской и Смоленской областях, а также в Брянщине — регионах, где исторически смешивались русские, белорусские и польские влияния.

Сословной привязки у фамилии нет: Куковицами могли быть и крестьяне, и мещане. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Сегодня она остаётся малочисленной, но сохраняет отчётливую связь с диалектной лексикой и народной зоологической метафорой.