Фамилия Куковкина — женская форма фамилии Куковкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем родоначальника. Основа здесь — слово «куковка». В русских говорах у него несколько значений, и все они отсылают к быту или внешности предка.

Самое распространённое объяснение: «куковка» — это уменьшительное от «кука», то есть кулак. В этом случае прозвище Куковка могли дать человеку с сильным кулаком, драчуну, либо, наоборот, тому, кто любил пригрозить кулаком в споре. Менее известная, но не менее вероятная версия: в некоторых диалектах «куковкой» называли деревянную часть прялки или веретена — деталь, на которую наматывали нить. Тогда прозвище могло достаться пряхе или ремесленнику, делавшему такие детали. Наконец, в ряде областей «куковка» — это кукушка (от звукоподражания «ку-ку»), и фамилия могла закрепиться за человеком с соответствующим голосом или повадкой.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: основа на -а (Куковк-) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Куковки). Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на -ов/-ев. Сравните с однокоренными фамилиями Куков, Куканов, Кукушкин — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами и значениями.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Куко́вкина. Вариант с ударением на первый слог встречается реже и может быть связан с местными говорами. Сословной привязки у фамилии нет: Куковкины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовном сословии. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется преимущественно в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — как раз там, где слово «куковка» в значении «кулак» или «прялка» было в ходу.