Фамилия Куковцев — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив звучание, которое сразу выдает профессию или характер предка. В основе лежит слово «куковец» — так в некоторых русских говорах называли кукушку. Но не спешите думать, что предок подражал птице или жил в лесу. Скорее всего, прозвище Куковец получил человек, чья работа или поведение ассоциировались с этой птицей: например, бортник, добывающий мед в лесных угодьях, где кукушка — частый гость, или же одинокий, нелюдимый человек, которого сравнивали с «кукушкой», не вьющей своего гнезда.

Суффикс «-ев» в окончании указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Куковцев — сын Куковца. То есть фамилия образована от личного прозвища отца, которое закрепилось за детьми. Интересно, что в отличие от более распространенных фамилий на «-ов», здесь суффикс «-ев» стоит после мягкого согласного «ц», что типично для основ, оканчивающихся на -ец. Такая словообразовательная цепочка (Куковец → Куковцев) встречается реже, чем, скажем, Кукушкин, но именно она делает фамилию более архаичной и привязанной к конкретному прозвищу, а не к птице напрямую.

Географически фамилия Куковцев тяготеет к южнорусским и центральным областям — Курской, Воронежской, Тамбовской губерниям, где диалектное слово «куковец» было в ходу. Встречается она и на Дону, среди казачества, что неудивительно: казаки часто брали прозвища, отражающие промысел или характер. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти единичные упоминания Куковцевых среди однодворцев — государственных крестьян, которые несли сторожевую службу на южных границах. Это подсказывает, что предки носителей фамилии были не крепостными, а свободными землепашцами или служилыми людьми.

Есть и альтернативная версия, менее популярная, но имеющая право на существование: от имени Кука (уменьшительное от Куприян или Киприан) с суффиксом «-овец». В этом случае Куковец — это «сын Куки», а Куковцев — уже «внук». Однако в русской ономастике форма «Куковец» как производное от имени встречается редко, а связь с птицей и диалектом выглядит убедительнее, особенно учитывая, что фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной.