Фамилия Коковцев — один из тех случаев, где форма на первый взгляд кажется ясной, а корень упирается в неожиданный тупик. На слух она звучит как типичная «служебная» фамилия: суффикс -ов- и окончание -ев указывают на притяжательное значение («чей?» — Коковцев). По этой модели образованы тысячи русских фамилий от крестильных имён, прозвищ и названий профессий. Но с основой «Коков-» всё сложнее: её нет в списке распространённых древнерусских календарных имён.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя Коковец. В русских говорах слово «кок» имело несколько значений: петух, удар, ком, а также застарелая мозоль или шишка. «Коковец» могло быть уменьшительной формой от «кок» — так могли прозвать человека с заметной шишкой, низкорослого и плотного («кок» как комок), либо драчливого и задиристого (петушиные повадки). В ономастике известны фамилии Кокин, Кокорев, Коковин — все они восходят к тем же диалектным корням, и Коковцев стоит в одном ряду с ними, но с другим суффиксальным оформлением.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с тюркскими языками, где «кок» означает «синий» или «небо». В таком случае прозвище Коковец могло принадлежать человеку со светлыми глазами или просто «небесному» по характеру, но для русских фамилий южных и центральных регионов эта гипотеза слабая: у фамилии нет характерных тюркских суффиксов, а географическое распространение Коковцевых (по данным XIX века) тяготеет к центральным губерниям России, где тюркское влияние минимально.

Сама модель образования фамилии — от прозвища на -ец с последующим присоединением патронимического суффикса -ев — довольно редка. Обычно фамилии на -ов/-ев образовывались напрямую от имени или прозвища (Коков — сын Кока), но здесь промежуточное звено «Коковец» указывает на то, что прозвище было не просто «Кок», а именно «Коковец». Это могло означать «маленький Кок» или «сын Кока», то есть фамилия фиксирует не одно поколение, а два: сначала был человек по прозвищу Кок, его сына звали Коковец, а внуков уже записали как Коковцевых.

В сословном плане носители фамилии не принадлежали к аристократии. Коковцевы — это в основном крестьяне и мещане, изредка купцы. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается, что подтверждает её «низовое» происхождение от прозвища, а не от служилого имени.