Фамилия Кукуркина — женская форма фамилии Кукуркин. При взгляде на неё сразу бросается в глаза необычная основа: она звучит и как подражание куриному «ку-ку-ре-ку», и как уменьшительное от «кукуруза». Оба этих пути ведут к прозвищу, а не к крестильному имени, и оба вполне реальны.

Самая прямая версия — звукоподражательная. Прозвище Кукурка, Кукурек или Кукурука в русских говорах могли дать человеку за манеру речи, за высокий или «петушиный» голос, за привычку вставать с первыми петухами. В некоторых диалектах слово «кукурукать» означало «куковать» или «петь петухом». Фамилия образована по стандартной модели: к основе на -а добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Кукуркин). Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов женского или первого склонения мужского рода (с окончанием -а/-я).

Вторая версия — «растительная». В южнорусских и украинских говорах «кукурка» или «кукурузка» — народное название кукурузы. Прозвище Кукурка мог получить земледелец, торговавший кукурузой, или человек с жёлтыми, как початок, зубами. Эта версия правдоподобна для регионов, где кукуруза была основным продуктом (Черноземье, Кубань). Но стоит помнить: кукуруза в России стала массово известна только с XVIII–XIX веков, тогда как прозвища по голосу могли возникнуть гораздо раньше. Поэтому первая версия хронологически более надёжна.

Редкость фамилии Кукуркина (и Кукуркин) указывает на то, что прозвище было локальным, не вышло за пределы одной-двух губерний. Поиск по архивам XIX века показывает единичные случаи — например, крестьян Тамбовской или Курской губерний. О дворянском происхождении речи нет: это чисто крестьянская или мещанская фамилия, образованная от бытового, часто шутливого прозвища.

Если сравнивать с однокоренными, то в русской ономастике встречаются фамилии Кукушкин (от птицы), Кукарев (от «кукареку»), Кукурузов. Кукуркин стоит особняком: его основа не даёт однозначной этимологии, и это как раз тот случай, когда угадать значение прозвища можно только по контексту жизни предка — был ли он горластым или сеял кукурузу.