Фамилия Кукузенко звучит так, будто её носитель родом с Украины или юга России — и это первая верная догадка. Суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, типичный для украинской ономастики) прямо указывает на происхождение: «чей-то сын» или «потомок». В основе лежит прозвище Кукуз или Кукуза, а вот его значение — предмет спора.

Самая вероятная версия связывает корень с диалектным словом «кукуз» — в некоторых южнорусских и украинских говорах так называли кукурузу. В этом случае Кукузенко — потомок человека, которого прозвали за любовь к кукурузе, за её выращивание или за то, что он торговал початками. Прозвища по продуктам питания в крестьянской среде встречались часто: не обязательно «кукурузный» человек — возможно, он был владельцем поля или просто выделялся пристрастием к каше-кулешу.

Есть и альтернативная, менее убедительная гипотеза: от тюркского слова «кукуз» (кукушка) или от украинского «кукуз» — засохшее дерево, сухостой. В обоих случаях прозвище могло достаться человеку с высоким, худым телосложением или, в первом варианте, любителю куковать в одиночестве. Но связь с кукурузой выглядит правдоподобнее — она и географически привязана к зоне распространения фамилии (Черниговщина, Полтавщина, Харьковщина), и бытово понятна.

Фамилия недвусмысленно относится к позднему пласту украинских фамилий на -енко, которые массово оформлялись в XVI–XVII веках. Сословно — почти наверняка крестьянское или казацкое происхождение: среди шляхты и мещан такие «растительные» прозвища встречались редко. В современной России носители Кукузенко встречаются рассеянно, но заметнее всего в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда украинские переселенцы принесли свои фамилии в XIX–XX веках.