Фамилия Кукжанов — одна из тех, что ставит перед исследователем вопрос: что в основе — звукоподражание, прозвище или искажённое имя? Слово «кукжа» в русских говорах не встречается, зато хорошо известно «кукша» — так в северных и сибирских диалектах называли птицу семейства врановых, сойку. Кукша — лесная птица с ярким оперением и резким голосом, и прозвище Кукша могли дать человеку крикливому, суетливому или просто носившему пёструю одежду. Фамилия Кукжанов, вероятно, — вариант от той же основы, но с озвончением согласного: «кукша» → «кукжа» под влиянием акающих говоров или простонародного произношения.

Суффикс -анов указывает на модель образования от прозвища или имени на -ан: Кукжан — человек, имеющий отношение к Кукше (сын Кукши или носитель прозвища Кукжан). Такая цепочка (Кукша → Кукжан → Кукжанов) встречается в фамилиях, где исходное слово было переосмыслено или адаптировано под местный говор. Возможна и другая версия: основа «кук-» — от тюркского «кюк» (синий, небесный) или «кукук» (кукушка), но для фамилии Кукжанов это маловероятно, так как тюркские фамилии обычно сохраняют иной суффиксальный строй.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России — там, где птицу кукшу знали в быту. В дореволюционных переписях Кукжановы могли быть крестьянами или мещанами, но сословная принадлежность не закреплена в самой фамилии: прозвище давали без оглядки на статус. Сравните с однокоренными Кукшин, Кукшев, Кукшанов — последний вариант ближе всего к Кукжанову, но с сохранением исходного «ш» вместо «ж». Разница в одну букву могла возникнуть из-за ошибки писаря или местного произношения, где «ш» смягчалось до «ж» перед гласным.

Таким образом, Кукжанов — фамилия, скорее всего, прозвищная, связанная с птицей или характером человека. Точной даты возникновения назвать нельзя, но по модели образования она не старше XVII–XVIII веков, когда фамилии активно фиксировались у непривилегированных сословий.